El Supremo, que no admite recurso a esta decisión, no apreció motivos para apartar del caso a Varela, al que Garzón acusaba de no ser imparcial y de tener un interés indirecto en el procedimiento por pedir a las dos acusaciones populares en el caso que corrigieran los defectos de forma en sus escritos de acusación.
De esta forma, Varela sigue con la causa y podría decidir la apertura del juicio oral contra Garzón, que supondría la suspensión cautelar del popular magistrado de la Audiencia Nacional.
Varela pidió a las acusaciones, Falange Española de las Jons y el sindicato derechista Manos Limpias, que subsanaran unas irregularidades de sus escritos de acusación. Transcurrido el plazo, Falange se cayó del proceso por no presentar las modificaciones a tiempo, pero sí siguió adelante la acusación de Manos Limpias.
El Ministerio Fiscal no está de acuerdo en la apertura del juicio oral contra Garzón, por considerar que las partes que le acusan no tienen legitimación procesal para ello.
Garzón acusó al general Francisco Franco y a otros miembros de su Gobierno de la desaparición de miles de personas durante la Guerra Civil y la posguerra, en un proceso en el que autorizó la exhumación de fosas comunes, aunque luego se inhibió ante los tribunales provinciales para que estos decidieran.
El proceso a Garzón ha generado protestas y manifestaciones en diversas ciudades españolas, y también ha sido una fuente de enfrentamiento entre el Gobierno y el Partido Popular, que acusa a los socialistas de intentar «reabrir las viejas heridas» y de alentar actos antidemocráticos por cuestionar el funcionamiento de la justicia.
